产品介绍

       16S rDNA是细菌分类学研究中最常用的“分子钟”，其序列包含9个可变区（Variable region）和10个保守区（constant region）。可变区因细菌而异，且变异程度与细菌的系统发育密切相关。通过检测16S rDNA的序列变异和丰度，可以了解环境样品中群落多样性信息。基于16S rDNA的分析在微生物分类鉴定、微生态研究等方面起到重要作用。

       18S rDNA或ITS（Internal Transcribed Spacer）被广泛应用在真菌分类鉴定中。18S rDNA在系统发育研究中较适用于种级以上阶元的分类；ITS属于中度保守区域，利用它可研究种及种以下的分类阶元。

研究内容

       16S/18S/ITS扩增子测序即通过提取环境样品的DNA，选择合适的通用引物扩增16S/18S/ITS的某一或某几个区，使用Illumina测序将目的区域正反向读通，通过检测目的区域的序列变异和丰度，对环境样本物种分类及，丰度，种群结构，系统进化，群落比较等方面信息进行分析的研究方法。

产品优势

策略多样：不同来源样本采用不同提取方法和建库测序策略，满足多种环境研究需求。

平台多样：MiSeq/HiSeq2500/PacBio等多种平台可供选择，可满足16S/18S/ITS不同高变区域或全长测序的需求。

经验丰富：已测序样品类型涉及粪便、土壤、水体、唾液、牙菌斑、体腔、胃液、白带、空气、血液、皮屑等。

分析自动化：自动化分析平台，可多次提交不同的信息分析方案，客户可以主导信息分析过程。

售前、售后服务：提供结题报告解读视频及其他个性化售前售后服务。

样本需求量低：16S产品推荐DNA样本量50ng以上；对于样本获取困难的样本，只要样本量高于0ng也有可能建库成功。

数据交付指标高：对16S产品承诺交付clean tags（用于后续OTU/物种分析的有效数据量），承诺100%满足合同数据量。常见的16S数据交付指标有raw reads、clean reads、raw tags，clean tags等，受数据质量和目标区域长度的影响，一般的数据利用率（clean reads/raw reads）和拼接率（clean tags/clean reads）会在50%~100%之间波动。

应用范围

医学领域：人体微生物与人体健康/疾病的关系，人体微生物对疾病干预过程的影响；

动物领域：肠道、瘤胃（如产甲烷菌类群）与动物健康/营养消化研究等；

农业领域：根际微生物与植物互作、农业耕作/施肥处理与土壤微生物群落等；

环境领域：雾霾处理、污水治理、石油降解、酸性矿水处理及海洋环境等；

特殊极端环境：极端环境条件下的微生物类群研究，如冰川、火山等。

 技术流程

       取质量合格的基因组DNA样品30ng及对应的融合引物配置PCR反应体系，设置对应的PCR反应参数进行PCR扩增，对PCR扩增产物进行纯化，完成建库。使用Agilent 2100 Bioanalyzer 对文库的片段范围及浓度进行检测。检测合格的文库根据插入片段大小选择合适的平台（HiSeq/MiSeq）进行测序。下机数据经过数据过滤，滤除低质量的reads，剩余高质量的Clean data方可用于后期分析；通过reads之间的Overlap关系将reads拼接成Tags；在给定的相似度下将Tags聚成OTU，然后通过OTU与数据库比对，对OTU进行物种注释；基于OTU和物种注释结果进行样品物种复杂度分析以及组间物种差异分析。

 建库流程

       16S/18S/ITS扩增子建库推荐融合引物建库方法，即提前合成融合了目标序列引物和上机接头、index等序列的引物，通过一步PCR扩增直接完成建库。主要步骤如下：

样品检测：使用Qubit对样品浓度进行精确定量，检测合格的样品进行文库构建。

PCR体系构建：取30ng DNA样品及融合引物配置PCR反应体系。

PCR扩增：设置PCR反应参数进行PCR扩增。

产物纯化：使用磁珠进行纯化，文库构建完成。

文库质量检测：文库检测使用Agilent 2100 Bioanalyzer检测文库的片段范围及浓度。

上机测序：文库检测合格，上机测序

信息分析内容

       下机数据经过数据过滤，滤除低质量的reads，剩余高质量的Clean data方可用于后期分析；通过reads之间的Overlap关系将reads拼接成Tags；在给定的相似度下将Tags聚成OTU，然后通过OTU与数据库比对，对OTU进行物种注释；基于OTU和物种注释结果进行样品物种复杂度分析以及组间物种差异分析。