产品介绍

Small RNA（sRNA）在细胞内具有多种重要的调节作用，主要通过miRNA与靶mRNA特异性结合调控靶mRNA的表达，从而参与许多生命过程，如细胞增殖、 细胞凋亡、脂肪代谢和细胞分化等。Small RNA（sRNA）测序是利用illumina测序平台检测已知和未知miRNA的表达水平及其表达差异，结合同一样本的转录组测序数据进行联合分析，可以同时分析miRNA及其靶基因的表达情况，为研究RNA的功能及调控机制提供有力的工具。

研究内容

        利用DNBSEQ平台，对富集到的18-30nt的小RNA片段进行测序，对获得的有效数据进行序列长度分布统计，将筛选后的高质量序列分类注释，从而获得样品中包含的各组分及表达量信息，并对所有小RNA片段进行注释，对miRNA进行靶基因预测等分析。

标准信息分析

1.  数据产出统计，对原始信息采集数据去接头污染，去低质量reads

2.  small RNA 信息采集结果的长度分布

3.  small RNA在选定的参考基因组上的分布

4.  small RNA分类统计

5.  miRNA定量分析

6.  miRNA差异表达分析

7.  miRNA表达/差异表达聚类分析

8.  miRNA靶基因分析

9.  差异miRNA 靶基因GO 注释和KEGG 通路分析

高级信息分析

一）数据库注释

1. 转录因子注释（AnimalTFDB/PlantTFDB）

2. GSEA分析

3. Rfam、Pfam、Reactome、COG、EggNOG和InterPro数据库注释

二）互作网络分析

1. 靶基因分析

① miRNA-mRNA靶向关系分析

② lncRNA-mRNA靶向关系分析

2. ceRNA互作网络分析

3. 蛋白互作网络分析

4. 共表达互作网络分析

三）特色分析

1. 外部数据库关联分析（TCGA、ARCHS4）

2. 关键驱动基因网络图分析