LncRNA高通量测序,采用去核糖体链特异性建库方法,对长链非编码 RNA、mRNA 、环状RNA等大RNA进行测序研究,从而快速全面准确地获得与特定生物学过程(例如发育、疾病等)所有大RNA转录本数据信息,可应用于细胞分化和发育的研究、调控机理的研究、疾病标志物的寻找、疾病的分子诊断、基因药物的研发等。
标准信息分析
1、基本数据统计
① 去除接头序列、低质量序列得到reads信息
② 样品相关性
③ 表达量分布
④ RNA分类
2、参考基因组比对
3、lncRNA鉴定
4、lncRNA定量分析
5、lncRNA差异表达分析(样本间、组间)
6、lncRNA表达/差异基因聚类
高级信息分析
一)数据库注释
1、转录因子注释(AnimalTFDB/PlantTFDB)
2、GSEA分析
3、Rfam、Pfam、Reactome、COG、EggNOG和InterPro数据库注释
二)互作网络分析
1、 靶基因分析
① miRNA-mRNA靶向关系分析
② lncRNA-mRNA靶向关系分析
2、 ceRNA互作网络分析
3、 蛋白互作网络分析
4、 共表达互作网络分析
三)特色分析
1、外部数据库关联分析(TCGA、ARCHS4)
2、关键驱动基因网络图分析
3、时间序列分析
交付结果
[数据产出情况汇总] [序列比对与拼接] [SNP 和 InDel 分析] [可变剪切分析]
[转录本拼接] [LncRNA 筛选] [定量分析][差异表达分析]
[LncRNA 靶向 mRNA 预测] [GO 富集分析]
[KEGG 富集分析][蛋白互作网络分析]
交付图表

DLAB实验室自有Illumina、ABl测序平台、Quanta扫描电镜、Guava流式细胞 仪、IVIS活体成像仪等顶尖设备。可做测序、细胞、动物、病理实验。建有NAS 云和smart云平台
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