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主页 > 测序平台> RNA测序 >LncRNA测序
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  LncRNA高通量测序,采用去核糖体链特异性建库方法,对长链非编码 RNA、mRNA 、环状RNA等大RNA进行测序研究,从而快速全面准确地获得与特定生物学过程(例如发育、疾病等)所有大RNA转录本数据信息,可应用于细胞分化和发育的研究、调控机理的研究、疾病标志物的寻找、疾病的分子诊断、基因药物的研发等。


标准信息分析


1、基本数据统计

① 去除接头序列、低质量序列得到reads信息

② 样品相关性

③ 表达量分布

④ RNA分类


2、参考基因组比对

3、lncRNA鉴定

4、lncRNA定量分析

5、lncRNA差异表达分析(样本间、组间)

6、lncRNA表达/差异基因聚类


高级信息分析


一)数据库注释

1、转录因子注释(AnimalTFDB/PlantTFDB)

2、GSEA分析

3、Rfam、Pfam、Reactome、COG、EggNOG和InterPro数据库注释


二)互作网络分析

1、  靶基因分析

① miRNA-mRNA靶向关系分析

② lncRNA-mRNA靶向关系分析

2、  ceRNA互作网络分析

3、  蛋白互作网络分析

4、  共表达互作网络分析


三)特色分析

1、外部数据库关联分析(TCGA、ARCHS4)

2、关键驱动基因网络图分析

3、时间序列分析


交付结果

[数据产出情况汇总] [序列比对与拼接] [SNP 和 InDel 分析] [可变剪切分析]

[转录本拼接] [LncRNA 筛选] [定量分析][差异表达分析]

[LncRNA 靶向 mRNA 预测] [GO 富集分析]

[KEGG 富集分析][蛋白互作网络分析]


交付图表

                                          






DLAB实验室自有Illumina、ABl测序平台、Quanta扫描电镜、Guava流式细胞 仪、IVIS活体成像仪等顶尖设备。可做测序、细胞、动物、病理实验。建有NAS 云和smart云平台

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