Q1:通过10X Genomics平台进行单细胞RNA-Seq的组织样品,是否可以提供前期处理的方法?
目前DLAB实验室《单细胞送样建议手册》上有提供通用的组织消化方法可供参考,同时不同组织存在组织及细胞的特异性,使用通用组织消化方法的效率会因组织类型差异,存在消化效率的差异。
Q2:冻存细胞/组织样本寄送前有哪些注意事项?
需要提前与当地销售经理沟通,提前告知邮寄到样时间,加快实验进程以及确保细胞样本活性。
Q3:癌症组织样本可以协助解离服务和上门建库服务吗?
可以进行癌症组织样本组织解离服务和上门建库服务。
Q4:请问10X Genomics单细胞RNA-Seq可以进行可变剪切等结构变化分析吗?
10X Genomics单细胞RNA-Seq产品主要定位为基因表达定量分析为主,数据不建议进行可变剪切等基因结构变化分析。如需研究结构变异信息,可进行单管单细胞RNA测序。
Q5:10X Genomics单细胞RNA-Seq采用的3’端扩增技术与Smart-seq2的扩增技术有什么区别?
Smart-seq2扩增技术针对是的3’~5’端全部的mRNA;3’端扩增技术主要是扩增3’端,是否能延伸至5’端,取决于酶的活性等系列实验因素决定。因此,扩增产物的长度上会有一定的区别和差异。
Q6:如果客户现场分离了1000个细胞,并检测出细胞活度很高,问:可否直接使用1000个细胞进行10X Genomics平台上机?
不建议。因为10X Genomics单细胞RNA-Seq最低建议细胞送样量为106个细胞,且活率建议在85%以上。
Q7:细胞物种没有相应的参考基因组,可以做这个产品吗?
产品分析需要基于一个良好注释和组装的参考序列。基因注释不完善或只注释到转录本,没有注释到基因等的不完善参考序列,会出现占用内存过多,即使对转录本进行去冗余及重新构建,跑出的结果可能会不太好,需要客户明确其风险因素。
DLAB实验室自有Illumina、ABl测序平台、Quanta扫描电镜、Guava流式细胞 仪、IVIS活体成像仪等顶尖设备。可做测序、细胞、动物、病理实验。
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