Q1：什么是长链非编码RNA？以及它们的作用？

哺乳动物基因组序列的约5%～10%被稳定转录，蛋白质编码基因仅约占1%，其余4%～9%的序列都转录为非编码RNA。而非编码RNA(non-coding RNA) 是指不能翻译为蛋白的功能性RNA分子。长链非编码RNA为这4%～9%中长度大于200nt的非编码RNA。它们的作用主要体现在四个方面：第一，影响周边基因的表达；第二，调控蛋白质活动及定位；第三，产生小分子RNA；第四，对其他RNA的调控作用[1]。

Q2：长链非编码RNA的建库方案是什么？

长链非编码RNA建库主要采用去除rRNA，构建链特异性文库，目前建库比较稳定。适用于人、鼠、动植物等物种。

Q3：长链非编码RNA主要签约风险有哪些？

rRNA去除效率不稳定，rRNA比例可能较高；只去除rRNA较适用于有良好参考基因组的项目，后续可以通过比对区分编码和非编码序列。

Q4：在信息分析中主要运用到的软件有哪些？

Tophat和Cufflinks（构建转录本），Infernal（家族分类），CPC（对转录本编码能力进行预测），Blast（比对），SOAP（过滤实验中未去除干净的rRNA，及lncRNA表达定量比对）。

Q5：长链非编码RNA建库测序结果可以用于分析环状RNA吗？

可以，长链非编码RNA建库模式采用去核糖体方式建库，对所获得的RNA进行打断测序，相当于获得全部RNA，即可以进行分析环状RNA表达情况，可应用于分析各物种环状RNA表达谱。

Q6：LncRNA测序数据中mRNA的定量效果如何？

人标品：已知mRNA定量与qPCR定量斯皮尔曼系数达到0.88。